又稱「藥師琉璃光如來」，是東方琉璃光世界的教主，藥師佛於過去世，行菩薩道時，曾發十二微妙大願，願為眾生解除病苦，消災延壽，具足諸根相好，導入解脫，故依此願而成佛，住琉璃世界，其國土莊嚴如極樂世界。因為藥師如來信仰，具有現世祈願利益和來世福德，所以自古也普遍盛行。
在釋迦牟尼佛的一生中演說了非常多利益大眾的法門，其中有最為適合男女老幼，都容易修持的念佛法門。釋迦牟尼佛也常常勸導眾生往生西方極樂世界，不要在這個世界受苦造罪輪迴不息。
當釋迦佛說完西方淨土的法門之後，為了消除末法時期（就是現在這個時代）重障薄福眾生的痛苦與業障，也慈悲演說了「藥師法門」。
那時候佛正在周遊各地教化眾生，釋迦佛的弘法教團到了一個叫做：「廣嚴城」（在今印度比哈爾邦南部）的地方，在名為「樂音」的樹下，因緣際會之下開始為眾生介紹藥師佛利益眾生的大願。
當時參與此次盛會的大眾，出家僧人有八千人、大菩薩有三萬六千、還有當時的國王、大臣、修行人、在家弟子及諸天鬼神等，一起聚集在那個地方聽佛說法。
那時候，有一位以大智慧著稱的文殊菩薩，也參加了這場法會。他當時蒙佛的威神加持就起身離座問佛說：「世尊！希望您能慈悲宣說諸佛本願功德名號的法門，以利益未來被業障困厄逼迫的芸芸眾生！」
佛當時就讚嘆文殊菩薩說：「很好！很好！你懷著大慈悲的心，希望我宣說諸佛以本願功德名號利益末法被業障困厄逼迫的眾生的法門，那麼你現在就仔細地側耳傾聽，並善加思維；因為你發問的因緣，我將會開始宣說這個法門！」於是佛就為了未來一切痛苦逼迫的眾生，開講了一部流傳後世的——《藥師琉璃光如來本願功德經》。
藥師佛還在行菩薩道、尚未成佛之時，曾經發下十二大願，願來世成佛時，實現自己的願力，來救助一切眾生的痛苦煩惱，讓所有人都能夠離苦得樂、去惡從善。
古往今來，任何一個時代，任何一個國家，都以追求人人平等、物質精神極大豐富的大同世界為最高理想。而藥師佛的大願所體現的，也正是這樣的一種目標。
在世俗人看來，佛教信仰本身乃至佛教的修行，被誤以為是一種消極甚至是避世的表現。但是從藥師佛的大願中我們可以看到，其顯現著改善人間生存現狀的人文關懷，這也是佛教大乘精神的一種體現。
如果說阿彌陀佛的大願著重的是對眾生生命歸宿的救拔，那麼藥師佛的十二大願，著眼的則是對我們所有人生命苦難無微不至的關懷，處處體現的都是不離世間、利益當下；而不是很多人所認為的宗教是一種消極和逃避。
藥師琉璃光佛的十二大願如下：
第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照曜無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。
第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲聾、瘖啞、攣躄、背僂、白癩、癲狂、種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧。諸根完具，無諸疾苦。
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所加，縛錄鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，飢渴所惱，為求食故造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身；後以法味，畢竟安樂而建立之。
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。
以上是藥師佛為了救度一切眾生所發的大願，其實釋迦佛只介紹了最主要的本願而已，還有其他為了我們所發的無量廣大願力、方便的教法，還無法一時全部述說完畢。
歷來推廣藥師法門的祖師大德，都一致的強調藥師佛對於眾生現世生活無微不至的關懷；其小至為解決生活中的煩惱困難，大至為解脫眾生輪迴生死乃至成佛所發的本願；其不廢世法而行佛法，在眾多佛菩薩的本願中，也是相當罕見的特色。
清朝時，順治皇帝的師父——玉琳國師，他就很讚歎藥師法門。他作了一個《藥師經》題語，題在《藥師經》的前面，文中讚歎《藥師經》言：
「予辭恩絕塵，不暇披覽，偶入藏閱藥師如來本願功德，不覺手額失聲，願人人入如來願海也。或問何於此經驚歎如是？告之曰：予見世人順境淪溺者不一。富貴可畏，甚於貧賤，今此如來，使人所求如願，遂從此永不退道，直至菩提，則欲于王臣長者，一切人中作同事攝。不乘如來願航，何從濟乎？大凡修持，須量已量法，直心直行。
誠能厭惡三界，堅志往生，則專依阿彌陀經，收攝六根，淨念相繼，所謂執持名號，一心不亂，決定往生。此先自利，而後利人者之所為也。若于現前富貴功名未能忘情，男女飲食之欲，未知深厭，則於往生法門，未易深信。即信矣，身修淨土而心戀娑婆，果何益乎？
則求其不離欲鉤，而成佛智，處於順境，不致淪胥者，固無如修持藥師願海者之殊勝難思也。若能信行，久久不懈，知不獨富貴功名，轉女成男，離危迪吉，如如意珠，遂願成就。即得於一切成就處，直至菩提。永無退轉，何幸如之。人間亦有揚州鶴，但泛如來功德船。」
這段話的重點是說，如果真的能放得下世間的一切，一心一意念阿彌陀佛求生西方淨土的人，不妨可以專修往生西方淨土法門；而那些不能放下富貴、功名、飲食、男女者，則不妨修東方藥師佛法門。
修藥師法門，如果能夠真正有信心地按照藥師法門去行持，不單是世間的功名富貴能夠得到；世間求兒、求女、求身體健康可以得到，甚至好像得到摩尼寶珠一樣所求如願，並且就在你成就世間願望的同時，就能夠「直至菩提，永不退轉。」
當釋迦佛說完西方淨土的法門之後，為了消除末法時期（就是現在這個時代）重障薄福眾生的痛苦與業障，也慈悲演說了「藥師法門」。
那時候佛正在周遊各地教化眾生，釋迦佛的弘法教團到了一個叫做：「廣嚴城」（在今印度比哈爾邦南部）的地方，在名為「樂音」的樹下，因緣際會之下開始為眾生介紹藥師佛利益眾生的大願。
當時參與此次盛會的大眾，出家僧人有八千人、大菩薩有三萬六千、還有當時的國王、大臣、修行人、在家弟子及諸天鬼神等，一起聚集在那個地方聽佛說法。
那時候，有一位以大智慧著稱的文殊菩薩，也參加了這場法會。他當時蒙佛的威神加持就起身離座問佛說：「世尊！希望您能慈悲宣說諸佛本願功德名號的法門，以利益未來被業障困厄逼迫的芸芸眾生！」
佛當時就讚嘆文殊菩薩說：「很好！很好！你懷著大慈悲的心，希望我宣說諸佛以本願功德名號利益末法被業障困厄逼迫的眾生的法門，那麼你現在就仔細地側耳傾聽，並善加思維；因為你發問的因緣，我將會開始宣說這個法門！」於是佛就為了未來一切痛苦逼迫的眾生，開講了一部流傳後世的——《藥師琉璃光如來本願功德經》。
藥師佛還在行菩薩道、尚未成佛之時，曾經發下十二大願，願來世成佛時，實現自己的願力，來救助一切眾生的痛苦煩惱，讓所有人都能夠離苦得樂、去惡從善。
古往今來，任何一個時代，任何一個國家，都以追求人人平等、物質精神極大豐富的大同世界為最高理想。而藥師佛的大願所體現的，也正是這樣的一種目標。
在世俗人看來，佛教信仰本身乃至佛教的修行，被誤以為是一種消極甚至是避世的表現。但是從藥師佛的大願中我們可以看到，其顯現著改善人間生存現狀的人文關懷，這也是佛教大乘精神的一種體現。
如果說阿彌陀佛的大願著重的是對眾生生命歸宿的救拔，那麼藥師佛的十二大願，著眼的則是對我們所有人生命苦難無微不至的關懷，處處體現的都是不離世間、利益當下；而不是很多人所認為的宗教是一種消極和逃避。
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| 藥師琉璃佛以日光遍照菩薩與月光遍照菩薩為左右二大脅侍，共同組成藥師三尊，俗稱「東方三聖」。 |
第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照曜無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。
第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲聾、瘖啞、攣躄、背僂、白癩、癲狂、種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧。諸根完具，無諸疾苦。
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所加，縛錄鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，飢渴所惱，為求食故造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身；後以法味，畢竟安樂而建立之。
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。
以上是藥師佛為了救度一切眾生所發的大願，其實釋迦佛只介紹了最主要的本願而已，還有其他為了我們所發的無量廣大願力、方便的教法，還無法一時全部述說完畢。
歷來推廣藥師法門的祖師大德，都一致的強調藥師佛對於眾生現世生活無微不至的關懷；其小至為解決生活中的煩惱困難，大至為解脫眾生輪迴生死乃至成佛所發的本願；其不廢世法而行佛法，在眾多佛菩薩的本願中，也是相當罕見的特色。
清朝時，順治皇帝的師父——玉琳國師，他就很讚歎藥師法門。他作了一個《藥師經》題語，題在《藥師經》的前面，文中讚歎《藥師經》言：
「予辭恩絕塵，不暇披覽，偶入藏閱藥師如來本願功德，不覺手額失聲，願人人入如來願海也。或問何於此經驚歎如是？告之曰：予見世人順境淪溺者不一。富貴可畏，甚於貧賤，今此如來，使人所求如願，遂從此永不退道，直至菩提，則欲于王臣長者，一切人中作同事攝。不乘如來願航，何從濟乎？大凡修持，須量已量法，直心直行。
誠能厭惡三界，堅志往生，則專依阿彌陀經，收攝六根，淨念相繼，所謂執持名號，一心不亂，決定往生。此先自利，而後利人者之所為也。若于現前富貴功名未能忘情，男女飲食之欲，未知深厭，則於往生法門，未易深信。即信矣，身修淨土而心戀娑婆，果何益乎？
則求其不離欲鉤，而成佛智，處於順境，不致淪胥者，固無如修持藥師願海者之殊勝難思也。若能信行，久久不懈，知不獨富貴功名，轉女成男，離危迪吉，如如意珠，遂願成就。即得於一切成就處，直至菩提。永無退轉，何幸如之。人間亦有揚州鶴，但泛如來功德船。」
這段話的重點是說，如果真的能放得下世間的一切，一心一意念阿彌陀佛求生西方淨土的人，不妨可以專修往生西方淨土法門；而那些不能放下富貴、功名、飲食、男女者，則不妨修東方藥師佛法門。
修藥師法門，如果能夠真正有信心地按照藥師法門去行持，不單是世間的功名富貴能夠得到；世間求兒、求女、求身體健康可以得到，甚至好像得到摩尼寶珠一樣所求如願，並且就在你成就世間願望的同時，就能夠「直至菩提，永不退轉。」
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