佛教在发展过程中，形成了很多宗派，虽然同为颇具异端色彩的佛教宗派，但禅宗别具中国文化特色，而密宗尤具印度文化特色，两者披着极为不同的文化外衣，而在教义和修行上和方式上，二者也有显著差异。
一、一个不立文字，一个口诵真言
佛教禅宗对于语言文字极为排斥，主张“不立文字，教外别传；直指人心，见性成佛”，而密宗对于密言咒语却极为重视，称其为本尊（佛）真言，认为只要深信不疑、时常持诵，具有种种不可思议之功用。
禅宗对于语言的排斥，到了后来甚至发展到了呵佛骂祖的地步了，比如师问仰山：《涅槃经》四十卷“多少是佛说？多少是魔说？仰曰：总是魔说。”
密宗上师虽然也根据徒弟的不同，授以不同的真言，也就是所谓的“一法不传六耳”，但对于徒弟而言，那种咒语真言是可以永远持诵的，不必变换。
二、一个当头棒喝，一个手结法印
除了语言上的差异，宗教最讲究的修行方面，两者也是有着极大地区别。对于禅宗而言，丝毫不在意所谓的佛教“行、住、坐、卧”四威仪。而是认为“行亦禅，坐亦禅，语默动静体安然。”根本不需要刻意做作，时常有“当头棒喝”这样的惊人之举。
而密宗修行则规矩严密，身、手、需结印，口需诵真言，单单就是一个密宗手印，就有两千种结法，而每种手印，都有不同密义，从小指到大拇指，依次代表“地水火风空”等五大，右手表慧，左手表定，规矩很是繁复。
三、一个修心成佛，一个即身成佛
在对教义的根本认知上，两者之别有如沟壑万丈。禅宗自称为心宗，以彻见本心为最终目标，在他看来，心性本净，即心即佛，万事只在一心。
所以我们才能看到《坛经》所云：“菩提只向心觅，何劳向外求玄？听说依次修行，西方只在眼前”，而且这种心甚至不仅限于人心，而是泛指一切有情众生之心。
至于密宗，是修身、口、意三密，无非就是为了使自己“三业”清净，可以将自身变成佛菩萨发生，从而达到一种“即身成佛”的境界。所以这么看来，禅宗是修心法，密宗则是修身法。
总结一下，禅宗和密宗还有很多区别，而这种差别本身在于其各自的源流有所不同，禅宗来源于瑜伽行派唯识宗，密宗源头则是龙树中观派。但即便如此，二者最终目标还是一致的，最终都是达到智慧般若的境界。