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钢轮发出不要追踪铃羽的D—mail让过去的自己不要挽留铃羽，世界线改变，铃羽在雷雨当晚离开（在α世界线的时间机器（FG204）没有向未来方向跳跃的能力，这应该是铃羽是停留2010年寻找父亲的原因）。世界线开始向1%的方向变动，钢轮确认了在这个世界线的过去，在这里的铃羽平安无事来到1975年，她照顾着房东，但2010年之前得了重病，留下显像管给房东，把IBN5100赠予菲利斯的父亲。这条世界线嘟嘟噜的死亡时间延后了一天，这使得钢轮相信铃羽的信息是对的，删除D—mail的确存在着回到过去世界线的可能，也就是说找到IBN5100就有可能规避嘟嘟噜的死亡。
钢轮努力于D—mail的删除，删除的途中的剧情长达4集，分别是菲利斯、琉华子和萌郁的D—mail的删除。而菲利斯父亲没有去世的原因是菲利斯发出D—mail骗自己的父亲自己被绑架了，在经济窘迫的时候菲利斯父亲变卖IBN5100最终避开了事故。菲利斯在钢轮的深情讲述下逐渐拥有了其他世界线的模糊的记忆，在钢轮劝说下接受父亲去世的事实。然后，钢轮废尽口舌，让琉华子接受了自身是男孩子的事实。
萌郁的身份也完全展现在观众面前，萌郁因为性格原因难以自我解脱，本来根据FB指令办事的因为她，没有受到FB命令后自闭发疯，之前请求钢轮发出的D—mail的内容也私下改变了，没有让钢轮知道内容。
钢轮只好自行寻找FB的身份，用FB的手机发送D—mail让萌郁改变过去的行动，也就是阻止萌郁偷走IBN5100。期间萌郁招供IBN5100被放在在指定地点，而FB会来回收，钢轮借此找到了FB，而FB本人正是钢轮的房东，FB道出SERN组织的背面，被SERN威胁办事的他希望萌郁能完成一个任务后脱身，不被SERN利用，因此不再联系萌郁。说完后因为IBN5100任务失败而自杀，钢轮用FB的手机发出D—mail成功跳跃。
随着菲利斯，琉华子，萌郁的D—mail删除，IBN5100重新回到了钢轮手中，也就是说钢轮可以让桶子入侵SERN，世界线回到了接近一开始跳跃到α世界线的一条。最后只要删除最后一封由钢轮发出的预言短信（助手背刺这条短信）就可以回到β世界线。这样做就的话SERN没有能力制造时间机器，无法统治世界，而且嘟嘟噜不会死亡。但是钢轮突然认识到，这样做助手会死。钢轮希望不改变世界线而规避嘟嘟噜的死，但不能成功。
在一集多的情感戏后，助手深情一吻鼓励钢轮选择回到β世界线，钢轮最终含泪告别α世界线。跳跃回去后的钢轮认为时间机器不应该被发明，因为掌握时间是一件很可怕的事，所以时间机器是一个危险的东西，钢轮摧毁了电话烤箱（暂定），打算回归正常的生活。
但是几天后，也就是2010.8.21在β世界线的钢轮遇到从2036年时间旅行而来的阿万音玲羽，被告知β世界线的结局是时间机器被国家机关研发而发生第三次世界大战，而有关时间机器的论文，也就是中钵博士的论文（实际上由助手撰写）里面的资料给时间机器的研发提供了理论支撑。铃羽从未来冈部伦太郎和桶子处向2010年的冈部伦太郎告知来此任务是阻止三战的发生，钢轮一开始拒绝干涉时间和世界线，但在得知改变的方法是拯救助手并毁掉论文通往SG线时，同意了执行任务。
故事发展到了最高潮，也是事件的解决和线索的关联都能在这里联系。β世界线的时间机器(C204)出于制作时间宽裕，完整而可以往返过去未来，并且能容纳两人。钢轮按照计划，在第一次跳跃中尝试，发生的结果正如在α世界线拯救嘟嘟噜一样，努力却得不到结果，而且是钢轮失误亲自杀死助手。
失败后的钢轮悲痛欲绝，和α世界线的助手达成的共识，坚定自己不干涉时间的想法，拒绝再次穿越。而根据因果论，第一次的失败是必然的，因为这个时候的钢轮还没有正确的办法，而正确的办法的找到需要在命运石0中才能更好解释。第一次失败的钢轮在嘟嘟噜一耳光下觉醒，在铃羽的提示下看到了来自未来的花屏视频（之前看不到是由于时间悖论）和新闻（看新闻的目的是知道金属乌帕被中钵博士拿走，借助金属探测仪发现了论文而没有被毁）。根据视频短信中的钢轮告知世界是可以因观测者被欺骗而改变，钢轮需要不改变过去的曾经经历过的事实，改变事件的结果，也就是让以前的自己认为助手死了，而实际上并没有死的话就能改变。（这里的剧情超燃的，第23话的结尾看了无数遍）
在这里简单说明拯救的过程：钢轮回到助手被杀前的20分钟，提前拿走了扭蛋机的金属乌帕，嘟嘟噜没有摇到金属乌帕，因此中钵博士的论文不会被金属探测仪检测而消失在火灾中。然后再次演一遍与助手的初遇。在建筑顶层和中钵博士对峙，钢轮被捅一刀，然后吓走博士，助手喊救护车的时候用电击器击晕助手，然后自己加深创口用自己的血伪造助手被刺场景。（自残是因为提前准备的血浆凝固了）因此钢轮成功让世界线进入SG线(1.048596SG)，而在新的世界线（SG线）上没有时间机器，所以铃羽不会乘坐时间机器来到2010年，所以消失了。
最后一集是SG线的结局，这个大家自己去看看感受一下，是讲述SG线后的true end，这里没有什么烧脑问题了，就是完善剧情的结局，所以我就不再多论述了。
好了，关于命运石之门（动画）的剧情详解就到这里了，以后会更新更多的幕后的揭示，感谢看到这里的各位。
————El Psy Congroo