从厦大毕业后，据朱兆祥自述，“民国廿八年至三十年间（汪按，即1939至1941年间），我在国立西南联合大学研究语言时，曾写《漳泉厦语比较研究》一种”。1946年4月2日，台湾省行政长官公署教育处公布以魏建功为主任委员的台湾省国语推行委员会名单，朱兆祥列名为该会委员。

台湾省国语推行委员会乃由魏建功等“语文学术专家”组成，该会成立则光复初期台湾的国语运动乃由官方筹划、民众自发的阶段，转为学者主导的阶段矣。魏建功根据国语运动的历史经验，和“台湾现行语言的情形”，制定了包括“实行台语复原，从方言比较学习国语”之要点的“台湾省国语运动纲领”，其要义是用“自家学话的方法”，不用“日本人学中国话的方法”。台湾省国语推行委员会“为实验从方言学习国语，于（民国）三十五年十月一日，成立示范国语推行所，派推行员３人，王委员洁宇任所长，朱委员兆祥任指导员。社址设于北投，（民国）三十六年六月三日迁址于淡水，（民国）三十六年八月，此项工作告一段落，推行所结束”。台湾省1947年度《政府工作报告》亦记：“（民国) 三十五年十月，调本会试用视导三人在北投设立示范国语推行所一所，实验‘用比较类推法，从方言学习国语’”。朱兆祥本人也说：“由方言到国语，由方符到国文，这即是国定的左方右国——或左义右音的政策。台湾省的国语运动正是朝着这个路向走的”。

据我闻见所及，厦门大学校友朱兆祥在台湾的活动消息还有：1946年，台湾省国语推行委员会颁布实施朱兆祥制定的《台湾方音符号方案》；1947年，朱兆祥在《国语通讯》第3期发表《台湾同胞国音误读析》；1948年6月2日，朱兆祥参加厦门大学台湾校友会全体校友会；1948年，朱兆祥在《台湾文化》第3卷第7期发表《厦语方言罗马字草案》。