不过在一开始的时候，任何人都没能想到噶尔丹会从西藏赶回蒙古继承。因为在噶尔丹出生后不久，很多人就认为他是转世的活佛，因此他也被送去了拉萨。随后，噶尔丹就拜四世班禅为师，学习了很多佛道佛法知识。如果不是1670年发生了一场内讧，噶尔丹的兄长被人杀害，也许噶尔丹这一辈子都不会离开拉萨。

而且让人们更加意想不到的是，拉萨的僧侣们统统支持噶尔丹重返蒙古夺回大权。事实上，最后的结果也的确如此。而且噶尔丹甚至还建立起了准格尔韩国，并且趁热打铁出兵天山，接着又深入漠北腹地。当时康熙皇帝也曾经派自己的亲哥哥去剿灭噶尔丹，但是自始至终都没能伤及根本。

1694年，因为蒙古各部落之间的矛盾非常突出，而且首领之间的关系变得非常紧张，康熙皇帝便下令让所有的部落首领都来朝廷里会盟。但是噶尔丹却充耳不闻般拒绝了会盟。他的一番举动彻底的惹怒了康熙皇帝，因为这样的行为无疑是在向他挑衅。所以康熙皇帝决定做好一切准备工作，然后亲自率领大军荡平噶尔丹。

康熙御驾亲征，再加上挑选的都是精锐部队，所以在经过了昭莫多一战之后，噶尔丹的主力几乎都被歼灭。而且此时噶尔丹的根据地也被自己的侄儿占领，他手下的大将们也都纷纷逃窜。可是即便如此，噶尔丹还是下定决心拒不投降。

于是在康熙36年的时候，皇帝又带着浩浩荡荡的军队出发了。而当他们行至黄河边的时候，就已经收到了噶尔丹服毒自杀的消息。康熙终于去除了心头大患，与此同时，他也感到非常激动，甚至当时跪在黄河大堤上泪流满面，向臣下诉说自己的喜悦之情。